Para definir sus prioridades y validar la estrategia y el plan de acción, la Eurorregión cuenta con dos instancias con representación paritaria de las tres regiones que la integran: una asamblea compuesta por 18 miembros y un comité ejecutivo integrado por 6.
La presidencia es bianual y es ejercida por cada una de las regiones de manera alternativa. Navarra ostenta la presidencia de 2024 a 2026.
Asamblea
Navarra
María Chivite Navascués
Presidenta de la Comunidad foral de Navarra
Oscar Chivite Cornago
Consejero de Cohesión Territorial
Mikel Irujo Amezaga
Consejero de Desarrollo Económico y Empresarial
Ana Ollo Hualde
Consejera de Relaciones Ciudadanas
Patricia Fanlo Mateo
Consejera de Universidades, Innovación y Transformación Digital
Sergio Pérez García
Director General de Acción exterior
Euskadi
Iñigo Urkullu Renteria
Presidente
Arantxa Tapia
Consejera de Desarrollo Económico e Infraestructuras
Jokin Bildarratz
Consejera de Educación
Javier Hurtado
Consejero de Turismo, Comercio y Consumo
Marian Elorza
Secretaria General de Acción Exterior
Mikel Antón
Director de Asuntos Europeos
Nouvelle-Aquitaine
Alain Rousset
Presidente del Conseil Régional de Nouvelle-Aquitaine
Mathieu Bergé
Consejero regional delegado a la Eurorregión, la Cooperación Transfronteriza, Puertos y Aeropuertos
Andde Sainte Marie
Consejero regional responsable de Montaña y Pastoralismo
Emilie Dutoya
Consejera regional
Maïder Arosteguy
Consejera regional
François Verrière
Consejero regional
Comité ejecutivo
Navarra
Sergio Pérez García
Director General de Acción Exterior
Iñigo Arruti Torre
Director General de Fomento Comercial
Euskadi
Marian Elorza Zubiria
Secretaria General de Acción Exterior
Mikel Antón Zarragoitia
Director de Asuntos Europeos
Nouvelle-Aquitaine
Mathieu Bergé
Consejero regional delegado a la Eurorregión, la Cooperación Transfronteriza, Puertos y Aeropuertos
Andde Sainte Marie
Consejero regional responsable de Montaña y Pastoralismo
Mil 
Mila 
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