Para definir sus prioridades y validar la estrategia y el plan de acción, la Eurorregión cuenta con dos instancias con representación paritaria de las tres regiones que la integran: una asamblea compuesta por 18 miembros y un comité ejecutivo integrado por 6.
La presidencia es bianual y es ejercida por cada una de las regiones de manera alternativa. Euskadi ostenta la presidencia de 2020 a 2022.
Assemblée
Euskadi
Iñigo Urkullu Renteria
Presidente
Arantxa Tapia
Consejera de Desarrollo Económico e Infraestructuras
Jokin Bildarratz
Consejera de Educación
Javier Hurtado
Consejero de Turismo, Comercio y Consumo
Marian Elorza
Secretaria General de Acción Exterior
Mikel Antón
Director de Asuntos Europeos
Navarra
María Chivite Navascués
Presidenta de la Comunidad foral de Navarra
Bernardo Ciriza Pérez
Consejero de Cohesión Territorial
Mikel Irujo Amezaga
Consejero de Desarrollo Económico y Empresarial
Ana Ollo Hualde
Consejera de Relaciones Ciudadanas
Juan Cruz Cigudosa García
Consejero de Universidades, Innovación y Transformación Digital
Sergio Pérez García
Director General de Acción exterior
Nouvelle-Aquitaine
Alain Rousset
Presidente del Conseil Régional de Nouvelle-Aquitaine
Mathieu Bergé
Consejero regional delegado a la Eurorregión, la Cooperación Transfronteriza, Puertos y Aeropuertos
Andde Sainte Marie
Consejero regional responsable de Montaña y Pastoralismo
Alice Leiciagueçahar
Consejera regional
Michel Veunac
Consejero regional
Guy Hustaix
Consejero regional
Comité ejecutivo
Euskadi
Marian Elorza
Secretaria General de Acción Exterior
Mikel Anton
Director de Asuntos Europeos
Navarra
Sergio Pérez García
Director General de Acción Exterior
Izaskun Goñi
Directora General de Política Económica, Empresarial y Trabajo
Nouvelle-Aquitaine
Mathieu Bergé
Consejero regional delegado a la Eurorregión, la Cooperación Transfronteriza, Puertos y Aeropuertos
Andde Sainte Marie
Consejero regional responsable de Montaña y Pastoralismo
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Mila 
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